创新创业教育学院根据工作职责，设置如下科室：综合办公室、双创教育管理科。具体职责如下：
综合科
1、负责宣传贯彻落实国家、自治区和包头市创新创业相关政策、规章制度、意见和要求，起草各类综合性文字材料。
2、负责文印、收发和保密等工作。负责日常接待、外联、新闻宣传等工作。
3、负责支部建设、党日活动、党员管理等组织工作。
4、负责部门网站、信息化建设工作。
5、负责设施设备的管理、验收和交接等工作。
6、负责协调与地方政府、企业、高校、金融机构、创业园区及社会各界合作，争取各方面的创新创业政策和奖补资金；负责对接就业局，报送创业园每月活动计划及开展活动情况、季度考核材料和年检工作。
7、负责全校创新实践专项培训、实训等工作。
8、校友会、教育基金会日常工作。
双创教育管理科
1、负责学校教师创新创业课题的申报、评定和监督工作。
2、指导和建设创新创业课程、创新创业实践和活动工作。
3、负责各级各类创新创业竞赛的组织、指导和管理工作。
4、负责指导二级学院创新创业工作室，并考核和评价开展的工作。
5、负责国家级、自治区级、校级大学生创新创业训练计划项目的申报、评审和监管工作。
6、创业园、众创空间、科技园等实践基地的建设、企业运行及日常管理工作。